М. Қозыбаев атындағы Солтүстік Қазақстан университетінде ғылыми мектептер, ғылыми-зерттеу орталықтары мен зертханалар жұмыс істейді.
Олардың қызметі инновациялық ортаны қалыптастыруға, жобаларды жүзеге асыру үшін университеттің ғылыми әлеуетін тиімді пайдалануға және елдің ғылыми-техникалық дамуының басымдықтарына сәйкес перспективалық әзірлемелерді жүргізу үшін қолайлы жағдайлар жасауға бағытталған.
Мектептер:
- Мәдениеттер мен тілдер диалогы (З.П. Табакова, ф. ғ. д.).
- Өндірістік процестерді автоматтандыру. Қашықтықтан бақылаудың интеллектуалды жүйелерін дамыту. Деректерді жинауды сымсыз бақылау. (В.П. Ивель, т. ғ. д.).
- Бөлшектердің қалпына келтірілетін беттерінің физика-механикалық қасиеттерін плазмалық технологиялармен арттыру (В.В. Савинкин, т. ғ. к.).
- ХХІ ғасырдың қоғамдық ойы (З.С. Тайшыбай, ф.ғ. к.).
- Агроэффект. Аграрлық экономика және АӨК экономикасы. (В.Н. Сиволап, а. ш. ғ. д.).
- Егістік дақылдарының сорттарын сынау (А.С. Шаяхметова, а.ш.ғ.к.).
- Ауыл шаруашылығы жануарларының асыл тұқымдық және өнімділік қасиеттерін арттыру. (К.Н. Баязитова, а.ш.ғ.к.).
Центры:
- Астрофизикалық зерттеулер орталығы.
- Этномәдени зерттеулердің ғылыми-зерттеу орталығы.
- М. Қозыбаев атындағы Ұлы Даланың тарихи-мәдени мұрасын зерттеу орталығы.
- «Абайтану» орталығы.
- Шығармашылық индустрия орталығы.
Зертханалар:
- Физика-химиялық зерттеу әдістері зертханасы.
- Өсімдік химиясы және биологиялық белсенді қосылыстар зертханасы.
- Органикалық синтез зертханасы.
- Биологиялық химия зертханасы.
- Жаңа биологиялық өнімдер зертханасы.
- Робототехника, микроэлектроника және энергия экологиясы бойынша инженерлік зертхана.
- «Робототехникалық жүйелерді математикалық модельдеу және жобалау» зертханасы.
- Нанотехнология зертханасы.
- «Әлеуметтік-экономикалық процестерді математикалық модельдеу» зертханасы.
- Педагогикалық инновациялық зертхана.
- Функционалдық бейімделу ғылыми-зерттеу зертханасы.