В Северо-Казахстанском университете им. М. Козыбаева действуют научные школы, научно-исследовательские центры и лаборатории.
Деятельность их направлена на формирование инновационной среды, эффективное использование научного потенциала университета для реализации проектов и создания благоприятных условий для ведения перспективных разработок согласно приоритетам научно-технологического развития страны.
Школы:
- Диалог культур и языков (Табакова З.П., д.ф.н.).
- Автоматизация производственных процессов. Разработка интеллектуальных систем удаленного мониторинга. Беспроводной мониторинг сбора данных. (Ивель В.П., д.т.н.).
- Повышение физико-механических свойств восстанавливаемых поверхностей деталей плазменными технологиями (Савинкин В.В., к.т.н.).
- Общественная мысль XXI века (Тайшыбай З.С., к.ф.н.).
- Агроэффект. Аграрная экономика и экономика АПК. (Сиволап В.Н., д.с.х.н.).
- Сортоиспытание полевых культур (Шаяхметова А.С., к.с.х.н.).
- Повышение племенных и продуктивных качеств сельскохозяйственных животных (Баязитова К.Н., к.с.х.н.).
Центры:
- Центр астрофизических исследований.
- Научно-исследовательский центр этнокультурных исследований.
- Центр изучения историко-культурного наследия Великой степи имени М. Козыбаева.
- Центр «Абайтану».
- Центр креативной индустрии.
Лаборатории:
- Лаборатория физико-химических методов исследования.
- Лаборатория химии растений и биологически активных соединений.
- Лаборатория органического синтеза.
- Лаборатория биологической химии.
- Лаборатория новых биопрепаратов.
- Инженерная лаборатория по робототехнике, микроэлектронике и энергоэкологии.
- Лаборатория «Математическое моделирование и проектирование робототехнических систем».
- Лаборатория нанотехнологий.
- Лаборатория «Математическое моделирование социально-экономических процессов».
- Педагогическая инновационная лаборатория.
- Научно-исследовательская лаборатория функциональной адаптации.