История подготовки учителей физической культуры и тренеров начинается с 1959 г., когда на базе кафедры физического воспитания при естественно-географическом факультете (декан Карстен А.А.) Петропавловского педагогического института было открыто отделение по подготовке учителей физической культуры.
В 1961 г. в соответствии с приказом по Минвузу Каз. ССР от 23.05.61 г. за № 453 на отделении физического воспитания были организованы две кафедры: «Спорта и спортивных игр» (заведующий Тютрюмов А.П.) и «Теория и методика физического воспитания и гимнастики» (заведующий Шлегель А.А.).
В 1967 году на базе отделения физического воспитания был образован «Факультет физического воспитания» совместно с отделением «Педагогика и методика начального обучения». Первым деканом факультета физического воспитания была Побелянская Л.В.
С 1968 по 1971 гг. факультетом руководил Макоев Н.Т.
В 1971-1973 годы факультет возглавил Вайнер Э.Н.
В 1973-1977 годы деканом факультета был кандидат исторических наук, доцент Косых М.Ф.
С 1977 по 1985 гг. факультетом руководил кандидат педагогических наук Вишневский В.А., выпускник факультета.
С 1985 по 1989 гг. факультет возглавил кандидат педагогических наук Стрельцов В.А., выпускник факультета.
В 1989-1994 гг. руководство факультетом осуществлял кандидат педагогических наук, выпускник факультета Григорьев В.А.
В 1992 году на факультете была открыта первая в Республике лаборатория «Валеологии» на базе кафедры «Физиологии», которая в 1999 г. была переименована в кафедру «Физиологии и валеологии» Заведовал кафедрой доктор медицинских наук, профессор Заркешев Э.Г..
С 1994 по 1996 гг. факультетом руководил Акушев Г.М., выпускник факультета.
С 1996 по 2003 гг. факультет возглавлял доцент, профессор СКГУ им. М. Козыбаева Тулаев В.К., выпускник Каз. ГИФК. В 1999 году на факультете по специальности «Физическая культура и спорт» был впервые осуществлён набор студентов с казахским языком обучения.
На базе кафедры «Теория военного и физического воспитания» в 2000 году была открыта специальность «Начальная военная и физическая подготовка», и в 2004 г. данная специальность переименована в «Начальную военную подготовку». С 2006 г. на эту специальность осуществлялся набор студентов в группу с казахским языком обучения.
С 2003 по 2004 гг. обязанности декана факультета исполнял старший преподаватель Жолаушинов А.К.
В 2004-2011 гг. факультет возглавила кандидат биологических наук, доцент, профессор СКГУ им. М. Козыбаева Кангужина К.М.
На факультете функционировали 3 кафедры:
- «Теория физической культуры и спортивных дисциплин»;
- «Физиология и валеология»;
- «Физическая культура и туризм».
На основании решения ректората от 16.05.2006 г. кафедра «Теории физической культуры и спортивных дисциплин» была реорганизована путем деления на кафедры: «Спортивные дисциплины» и «Теория военного и физического воспитания».
Кафедра «Спортивные дисциплины» (заведующий старший преподаватель Гавриленко В.В.) вела подготовку студентов по специальности 050108 «Физическая культура и спорт» с квалификацией «учитель физической культуры и тренер по избранному виду спорта».
Кафедра «Теория военного и физического воспитания» (заведующий кафедрой кандидат педагогических наук Зернов Д.Ю.) осуществляла подготовку студентов по специальности 050104 «Начальная военная подготовка» со специализацией «физическая культура».
Кафедра «Физиология и валеология» ведет свое исчисление от 1969 года, когда приказом ректора Петропавловского педагогического института № ЛС-442 от 19 ноября 1969 г. года из состава кафедры «Зоологии и основ сельского хозяйства» была отдельно выделена кафедра «Анатомии и физиологии человека и животных». Ее первым руководителем стал кандидат биологических наук, доцент Малыгин А. М. В 1985 году кафедра была переименована в кафедру «Физиологии человека и животных» (заведующий кафедрой кандидат биологических наук, доцент Семенов Н.Н.). В 1991 году кафедру «Физиологии человека и животных» объединили с кафедрой «Гражданской обороны и медицинской подготовки». Кафедрой «Физиологии и основ медицинских знаний» заведовал кандидат биологических наук, доцент Логинов С.И. В 1993 году на базе данной кафедры была открыта аспирантура.
С ноября 1999 года по май 2006 г. кафедрой заведовал д.м.н., профессор, член-корреспондент ИА РК Заркешев Е.Г. В 2001 г. в связи с открытием специальности «Валеология», она была переименована в кафедру «Физиологии и валеологии». В этом году кафедра была переведена с ЕГФ на ФФК. Кафедра физиологии и валеологии вела подготовку студентов по специальностям 511630 и 011540 «Валеология» с присвоением квалификации «валеолог, преподаватель валеологии». В 2009 г. кафедра была расформирована в связи с завершением набора на специальность «Валеология».
Кафедра «Физическая культура и туризм» создана на базе кафедры «Физического воспитания», основанного в 1937 году при учительском институте г. Петропавловска. В 2000 году кафедра «Физического воспитания» была переименована в кафедру «Физической культуры и туризма» (заведующий кафедрой профессор, заслуженный тренер РК Бондаренко В.А.).
По инициативе заведующего кафедрой физического воспитания профессора Бондаренко В.А. (1992-2004 г.г.) специальности «Туризм».
С 2011 г. по 2013 гг. факультетом руководил кандидат педагогических наук, выпускник факультета Зернов Д.Ю. В составе факультета функционировали кафедры: «Спортивные дисциплины» (заведующий кафедрой доцент ВАК, профессор Тулаев В.К.) и «Теория военного и физического воспитания» (заведующая кафедрой доктор педагогических наук, профессор Мурзалинова А.Ж.)
В 2013-2014 гг. обязанности декана факультета исполняла кандидат педагогических наук, доцент Чемоданова Г.И.
В 2014 г. факультет был реорганизован, и совместно с естественно-географическим факультетом вошел в состав «Факультета естественных наук и спорта». Кафедры «Спортивные дисциплины» и «Теория военного и физического воспитания» были объединены в кафедру «Спортивные дисциплины и военное воспитание» (заведующая Чемоданова Г.И.).
В 2018 г. на базе кафедры открыта магистратура по образовательной программе «Физическая культура и спорт».
В 2017 г. кафедра «Спортивные дисциплины и военное воспитание» была переименована в кафедру «Теория и методика физического и военного воспитания» (заведующий кафедрой магистр Ботяев С.В.).
В настоящее время кафедра осуществляет подготовку обучающихся по образовательным программам: 6В01401 «Физическая культура и спорт», 6В01404 «Физическая культура и начальная военная подготовка», 7М01401 «Физическая культура и спорт».